Qu'est-ce que le microbiome, au juste ?
Le terme « microbiome » désigne l'ensemble des micro-organismes présents dans un milieu donné – en particulier l'intestin – ainsi que leurs gènes, leurs activités métaboliques et les produits qui en résultent. Il ne s'agit donc pas seulement de savoir qui y vit, mais aussi ce qui s'y passe.
On peut se représenter cela comme un espace intérieur animé : ce n’est pas la simple présence de chaque occupant qui détermine le caractère du lieu, mais leur interaction, leur densité, leurs rôles, les conditions dans lesquelles ils vivent et leur comportement les uns envers les autres.
La diversité comme caractéristique, et non comme objectif
Dans la recherche sur le microbiome, la diversité joue un rôle important. Il s'agit ici de la richesse et de l'équilibre d'un écosystème microbien. Un système diversifié est souvent considéré comme plus adaptable qu'un milieu peu varié.
Cela ne signifie pas pour autant que la diversité soit systématiquement bénéfique, ni qu'il soit possible d'en déduire des règles simples. Cela montre toutefois pourquoi il n'est pas pertinent de réduire cette question à une simple distinction entre « bons » et « mauvais » micro-organismes. C'est souvent la structure de l'ensemble du système qui est déterminante.
Ce que font les micro-organismes : les produits métaboliques
Ce qui est particulièrement intéressant, c'est que les micro-organismes ne se contentent pas d'être présents, mais qu'ils exercent une activité métabolique. Ils transforment les composants alimentaires, en particulier ceux que le corps humain ne parvient pas à digérer entièrement. Il en résulte des produits métaboliques qui, à leur tour, interagissent avec la muqueuse intestinale, le milieu local et les processus de régulation supérieurs.
La nourriture n'est donc pas seulement une source d'alimentation pour l'être humain. Elle sert également de substrat aux processus microbiens. Le microbiome ne réagit pas seulement à l'organisme : il réagit à ce qu'on lui apporte. Il dépend donc largement de notre alimentation. En modifiant notre alimentation, nous modifions également notre microbiome.
Ce que révèlent les recherches
La recherche moderne aborde le microbiome sous plusieurs angles : la composition des communautés microbiennes, la formation des métabolites bactériens, l'influence de l'alimentation et des substances végétales, ainsi que la question de la stabilité ou de la plasticité des milieux microbiens.
On observe ici une tendance importante : ce ne sont pas tant les micro-organismes individuels qui sont au premier plan, mais plutôt leurs fonctions et leurs interactions. Dans le même temps, la recherche reste complexe. Les microbiomes varient considérablement d'une personne à l'autre. Il est rarement possible de formuler des généralités simples.
Point de vue de la médecine traditionnelle chinoise et de la médecine empirique
La MTC ne parle pas de microbiome, mais décrit depuis longtemps des espaces fonctionnels dans lesquels la transformation, le milieu, l'humidité et la qualité du centre jouent un rôle. L'idée d'un équilibre écologique interne n'est pas un concept nouveau dans ce domaine.
La médecine empirique, elle aussi, considérait depuis longtemps l'appareil digestif comme un espace vital, et non comme un simple passage mécanique. L'alimentation, les rythmes, les substances amères et les aspects liés à la fermentation y étaient envisagés en lien avec l'équilibre interne.
La question cruciale
Il ne faut pas se demander : « Quelle bactérie est bonne ou mauvaise ? », mais plutôt : « Quel type d'environnement interne est favorisé ? ». Cette formulation est moins simpliste, mais d'un point de vue biologique, elle est généralement plus proche de la réalité.
Dans ce contexte, la recherche s'intéresse particulièrement à l'alimentation, aux fibres alimentaires, aux polyphénols, aux lipides, aux substances amères et à certaines substances présentes dans les champignons – non pas en tant que solutions isolées, mais dans le cadre d'un environnement microbien global.
Dans le prochain article, nous nous intéresserons au foie, ce centre discret du métabolisme.